DNA- ja keskkonnaproovide kogud

DNA- ja keskkonnaproovide kogu ülesanne on eraldatud DNA, koe- ja keskkonnaproovide nõuetekohane säilitamine ja haldamine teaduslikel eesmärkidel. Looduse tundmaõppimiseks ning ülemaailmsete muutuste mõistmiseks ja prognoosimiseks kogutakse kõikides elusloodust uurivates teadusalades proove süsteemselt ja järjepidevalt. Selleks, et eraldatud DNA, koe- ja keskkonnaproovid säiliksid ning oleksid masinloetavalt lihtsasti kättesaadavad huvigruppidele, on neid vaja nõuetekohaselt säilitada ja hallata.

Metagenoomika on kiiresti arenev teadusvaldkond, milles geneetiline materjal eraldatakse otse keskkonnaproovist. Sellist taksonoomilist identifitseerimist rakendatakse erinevate ökosüsteemide – nii üksikute organismide, selle osade kui ka tervete koosluste ehk mistahes elusloodust hõlmavate keskkonnaproovide – tasemel. Materjali eksponentsiaalne kasv ja killustatus tingib vajaduse selle organiseerimiseks.

Geneetilise materjali kogumiseks ja säilitamiseks on ülemaailmselt astutud mitmeid samme. Selle üheks heaks näiteks on Global Genome Biodiversity Network (GGBN), mille eesmärk on erinevaid asutusi koondades säilitada loodusest korjatud ja/või eraldatud DNA-proove ning pakkuda andmehaldusplatvormi prooviandmetele. GGBN-is olevatele andmetele on vaba juurdepääs nii teadlastel kui ka kõikidel teistel huvilistel. Eestist on GGBN-i liige Tartu Ülikool loodusmuuseum, mis pakub DNA- ja keskkonnaproovide kogu näol füüsilist ning andmehaldussüsteemi PlutoF abil digitaalset taristut Eesti teadusasutuste keskkonnaproovide pikaajaliseks säilitamiseks ja haldamiseks.

2020. aasta lõpu seisuga on Tartu Ülikooli loodusmuuseumi kogus üle 30 000 DNA-proovi ja tuhatkond koeproovi. Enamiku materjali kohta on juba avaldatud teavet teaduspublikatsioonides, kuid suur osa kogudes olevast väärtusest on veel realiseerimata. Samuti on Tartu Ülikooli loodusmuuseumil suurel hulgal seene-, taime- ning loomakogusid, millest osa on informatiivne ka DNA-tasemel. Uurimismeetodite täiustudes avanevad tulevikus täpsemad võimalused looduse tundmaõppimiseks minevikus kogutud materjali põhjal. Siiski tingib elurikkuse kadu vajaduse koguda ja säilitada olemasolevat geneetilist materjali juba praegu. Just tulevikku suunatus on see, mis tingib vajaduse materjali nõuetekohaseks ja organiseeritud säilitamiseks.

Kontakt: 
Sergei Põlme
zoosüstemaatika peaspetsialist
Tel 559 45 041
sergei.polme@ut.ee